По данным доклада, сексуальному насилию подвергаются мужчины, женщины и дети, чтобы «устранить общественный протест».
Многие из задержанных после ареста подвергаются проверке на девственность и групповым изнасилованиям.
Министерство внутренних дел Египта заявило, что не будет комментировать этот доклад до тех пор, пока его не изучит.
В докладе отмечается всплеск сексуального насилия после военного переворота в Египте в июле 2013 года.
Виновные, включая полицию, офицеров разведки и военнослужащих редко привлекаются к ответственности, и их безнаказанность указывает на «циничную политическую стратегию, направленную на подавление любой оппозиции».
Среди пострадавших находятся студенты-демонстранты, активные борцы за права человека, гомосексуалисты и дети.
Авторы доклада говорят, что не имеют доказательств того, что командиры отдают такие приказы, но масштаб насилия и безнаказанности предполагают присутствие политическое стратегии.
Правозащитники утверждают, что жертвы, подающие жалобы сталкиваются с угрозами и репрессиями со стороны сотрудников полиции и тюремных надзирателей.
В минувшем году, президент Египта Абдул-Фаттах Халил Ас-Сиси отдал приказ полиции о разгоне демонстрантов на фоне растущего общественного недовольства.
Он также сказал, что сексуальное насилие является «неприемлемой формой поведения» и призвал граждан к восстановлению моральных ценностей в обществе.